Það er engin ein orsök flöguþekjukrabbameins, en langvarin UV-geislun, geislun, ákveðin efni, langvarin húðskaði og sjaldgæfir húðsjúkdómar auka áhættuna. Í sumum tilfellum spilar mannlegt papillomaveira (HPV) og veikt ónæmiskerfi einnig hlutverk.
SCC getur komið aftur eftir meðferð og, í sumum tilfellum, dreift sér til nærliggjandi eitla eða fjarlægra líffæra, sérstaklega þegar það er stórt, djúpt eða langvarandi. Fólk með eitt SCC hefur meiri líkur á að þróa ný húðkrabbamein í framtíðinni og þarf reglulegar húðathuganir.
Aðalmeðferðin fyrir flöguþekjukrabbamein er fullkomin skurðaðgerð á æxlinu með jaðri af heilbrigðri húð. Það fer eftir stærð, dýpt og staðsetningu, læknar geta einnig notað geislameðferð, sérhæfða skurðaðgerð (eins og Mohs) eða, í þróuðum tilfellum, kerfisbundnar meðferðir eins og ónæmismeðferð eða krabbameinslyfjameðferð.