Nid oes un achos clir o glefyd Bowen, ond mae amlygiad hir dymor i'r haul, ymbelydredd, rhai cemegau, anaf cronig i'r croen, rhai clefydau croen prin, ac efallai'r feirws papiloma dynol (HPV) i gyd yn cynyddu'r risg. Fel arfer mae sawl un o'r ffactorau hyn yn gweithredu gyda'i gilydd dros lawer o flynyddoedd.
Nid yw clefyd Bowen ei hun yn metastaseiddio oherwydd ei fod wedi'i gyfyngu i haen uchaf y croen, ond gall droi'n carcinoma celloedd cennog ymledol os na chaiff ei drin. Mae gan bobl â chlefyd Bowen siawns uwch o ddatblygu canserau croen eraill, felly mae monitro hirdymor yn bwysig.
Y prif driniaeth ar gyfer clefyd Bowen yw tynnu'r lesiwn yn llwyr, fel arfer trwy dorri llawfeddygol gyda ffin ddiogel o groen normal. Mewn rhai achosion, yn enwedig ar gyfer lesiynau llai neu lle mae llawdriniaeth yn anodd, gellir defnyddio radiotherapi wedi'i gynllunio'n ofalus neu driniaethau lleol eraill dan arweiniad arbenigol.